基于过硬的引物合成及标记技术,多重 PCR扩增技术,测序技术,本公司推出多种SNP分型服务的方法:直接测序方法、连接酶检测反应(LDR)方法、多重SNaPshot SNP方法、MassArray方法,为广大客户提供多种选择。
1. 连接酶检测反应(LDR)分型方法
技术原理:主要应用连接酶检测反应 (ligase detection reaction,LDR)技术。即在Taq DNA连接酶的作用下,当左右两条寡核苷酸探针与目的DNA序列**互补,并且两条探针之间没有空隙时才能发生连接反应,否则连接反应不能进行,*后通过荧光扫描片段长度,实现对SNP 位点的检测。
原理及实验流程示意图:
2. 多重SNaPshot SNP分型方法
技术原理:SNaPshot SNP分型是一种以单碱基延伸原理为基础,同时利用多重PCR对多个已知SNP 位点进行遗传分型的方法。在一个含有测序酶,四种荧光标记的ddNTP,紧挨多态位点5’端的不同长度延伸引物和PCR产物模板的反应体系中,引物延伸一个碱基即终止,经ABI 3730 测序仪跑胶后,根据峰的颜色可知掺入的碱基种类,从而确定该样本的基因型,根据峰移动的胶位置确定该延伸产物对应的SNP位点。
原理及实验流程示意图:
3. MassArray SNP分型方法
技术原理: Sequenom MassArray系统主要是利用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 进行分析,即PCR扩增产物或者预处理样本在延伸单碱基后,将制备的样品分析物与芯片基质共结晶,将该晶体放入质谱仪的真空管,而后用瞬时纳秒 (10-9s) 强激光激发,由于基质分子经辐射吸收能量,导致能量蓄积并迅速产热,从而使基质晶体升华,核酸分子就会解吸附并转变为亚稳态离子,产生的离子多为单电荷离子,这些单电荷离子在加速电场中获得相同的动能,进而在一非电场漂移区内按照其质荷比率得以分离,在真空小管中飞行到达检测器。
原理及实验流程示意图:
4.直接测序法
技术原理:将待检测片段进行PCR扩增并直接测序是SNP检测方法中较准确的方法。纯合位点为单峰,而杂合峰为套峰,因而很容易将几种基因型区分开来。直接测序法不仅可用于对已知位点的检测,还可用于发现未知的SNP位点。
实验结果图:
客户提供
1、SNP位点信息:
人类基因组需SNP位点的rs号;其它物种如牛、鸡、鱼等无rs号的,需SNP位点上下游各200bp的确切序列,SNP位点的突变类型,以及位点的上下游25bp内是否存在其它位点。
2、分型样品:
(1)若分型样品为基因组DNA或质粒DNA ,样品要求:DNA浓度≥20ng/ul,体积>10ul,位点较多的按照1ul/位点计算。纯度 OD 260/OD280 在1.7~1.9之间。由于样品质量差异过大导致的成功率下降,由客户负责。如果要求提供样品纯化服务,我们对每个样品将收取纯化费。
(2)若分型样品为血样,样本要求:血液样品,体积大于500ul,需用抗凝剂抗凝,送样过程中请注意保持低温,防止DNA降解;血斑样品,9-25mm2大小的血斑两个以上。对每个血样或血斑样本将收取DNA提取费。
(3)客户在寄送样品的时候,应在送样包裹中放置足量的冰袋,以减少在运输过程中因温度变化导致DNA降解的可能。请在每次寄出样品后及时与本公司分型部联系,可以E-mail 或者传真的方式告知样品的详细信息,以便收到样品后能及时与您进行联系确认。
客户将得到结果
★ SNPs结果(Excel表格)
★ 原始SNP峰型图
★ 完整实验报告包括扩增和反应的体系,所涉及的引物、探针序列等